民航上海醫院是1972年11月根據國務院、中央軍委《關于批準民航組建四所各100張床位醫院批復》的精神，于1973年5月經空軍司令部、后勤部同意后在上海西郊組建100張床位編制的醫院。1984年1月6日正式開院，隸屬民航總局，由民航華東地區管理局領導，醫院編制為210人，是華東地區唯一的航空醫療專業機構。1994年2月18日經上海市衛生局批準為二級綜合性職工醫院。1995年9月13日經上海市衛生局醫院等級評申批準為二級乙等醫療機構，核定床位120張。醫院占地面積11390平方米，建筑面積13674平方米。建院至今，醫院的功能定位已拓展為民航、社會提供全方位的醫療及健康體檢服務，主要承擔民航華東地區航空醫學臨床、康復療養、科研、航空醫學交流和航空人員的體檢鑒定等任務，擁有功能齊全、設備先進、技術一流、服務一流的航空人員體檢鑒定中心，民航華東管理局航空人員體檢鑒定中心前身為民航華東管理局航空體檢隊，成立于1995年。2007年，根據民航體制改革的總體部署和民航總局《關于公布民航西北航空醫學體檢中心等十三個航空人員體檢委任機構名單及信息的通知》，經民航總局和上海市衛生局批準，民航華東管理局航空人員體檢鑒定中心（以下簡稱“體檢鑒定中心”）正式成立。至此，原由民航上海醫院承擔的各類航空醫學任務轉由體檢鑒定中心承擔，成為華東地區唯一一家公立非營利性航空醫學醫療機構。
　　目前醫院已進入新建大樓施工，僅設有內科門診、外科門診、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、婦科、中醫科、針灸推拿科、心電圖、B超、動態心電圖、藥劑科、檢驗科、放射科、腫瘤免疫以及由上海市知名中醫專家坐診的中醫特需門診。